Es útil en la evaluación de la función de las células beta pancreáticas (p. ej., ayuda a distinguir la diabetes mellitus tipo 1 de la tipo 2 o monitoriza a los pacientes que han recibido trasplantes de células de los islotes o de páncreas) y para determinar la fuente de insulina en pacientes con hipoglucemia hiperinsulinémica (p. ej., distinguir los tumores secretores de insulina de la administración de insulina exógena). A veces también se mide como un medio adicional (más resistente a la hemólisis que la propia insulina) para evaluar las pruebas de tolerancia a la glucosa.

Si bien la prueba de péptido C no forma parte de la rutina de control de la diabetes, constituye un instrumento de gran valor en la toma individual de decisiones, esencial para un control óptimo del metabolismo a largo plazo. Concentraciones elevadas de péptido C también pueden deberse a la insuficiencia renal y a la obesidad.